نام مبارک امام پنجم محمد بود. لقب آن حضرت باقر يا باقرالعلوم است، بدين جهت که: درياي دانش را شکافت و اسرار علوم را آشکارا ساخت. القاب ديگري مانند شاکر و صابر و هادي نيز براي آن حضرت ذکر کرده اند که هريک باز گوينده صفتي از صفات آن امام بزرگوار بوده است. کنيه امام "ابو جعفر" بود. مادرش فاطمه دختر امام حسن مجتبي (ع) است. بنابراين نسبت آن حضرت از طرف مادر به سبط اکبر حضرت امام حسن (ع) و از سوي پدر به امام حسين (ع) مي رسيد. پدرش حضرت سيدالساجدين، امام زين العابدين، علي بن الحسين (ع) است . تولد حضرت باقر (ع) در روز جمعه سوم ماه صفر سال 57 هجري در مدينه اتفاق افتاد.
در واقعه جانگداز کربلا همراه پدر و در کنار جدش حضرت سيد الشهداء کودکي بود که به چهارمين بهار زندگيش نزديک مي شد. دوران امامت امام محمد باقر (ع) از سال 95 هجري که سال شهادت امام زين العابدين (ع) است آغاز شد و تا سال 114 هجري يعني مدت 19سال و چند ماه ادامه داشته است. در دوره امامت امام محمد باقر (ع) و فرزندش امام جعفر صادق (ع) مسائلي مانند انقراض امويان و بر سر کار آمدن عباسيان و پيدا شدن مشاجرات سياسي و ظهور سرداران و مدعياني مانند ابوسلمه خلال و ابومسلم خراساني و ديگران مطرح است، ترجمه کتابهاي فلسفي و مجادلات کلامي در اين دوره پيش مي آيد، و عده اي از مشايخ صوفيه و زاهدان و قلندران وابسته به دستگاه خلافت پيدا مي شوند. قاضيها و متکلماني به دلخواه مقامات رسمي و صاحب قدرتان پديد مي آيند و فقه و قضاء و عقايد و کلام و اخلاق را - بر طبق مصالح مراکز قدرت خلافت شرح و تفسير مي نمايد و تعليمات قرآني - به ويژه مسأله امامت و ولايت را، که پس از واقعه عاشورا و حماسه کربلا، افکار بسياري از حق طلبان را به حقانيت آل علي (ع) متوجه کرده بود و پرده از چهره زشت ستمکاران اموي و دين به دنيا فروشان برگرفته بود، به انحراف مي کشاندند و احاديث نبوي را در بوته فراموشي قرار مي دادند. برخي نيز احاديثي به نفع دستگاه حاکم جعل کرده و يا مشغول جعل بودند و يا آنها را به سود ستمکاران غاصب خلافت دگرگون مي نمودند. اينها عواملي بود بسيار خطرناک که بايد حافظان و نگهبانان دين در برابر آنها بايستند. بدين جهت امام محمد باقر (ع) و پس از وي امام جعفر صادق (ع) از موقعيت مساعد روزگار سياسي، براي نشر تعليمات اصيل اسلامي و معارف حقه بهره جستند و دانشگاه تشيع و علوم اسلامي را پايه ريزي نمودند. زيرا اين امامان بزرگوار و بعد شاگردانشان وارثان و نگهبانان حقيقي تعليمات پيامبر (ص) و ناموس و قانون عدالت بودند و مي بايست به تربيت شاگرداني عالم و عامل و ياراني شايسته و فداکار اهتمام مي ورزيدند، و فقه آل محمد (ص) را جمع و تدوين و تدريس کنند. به همين جهت محضر امام باقر (ع) مرکز علماء و دانشمندان و راويان حديث و خطيبان و شاعران بنام بود.
دانش امام باقر عليه السلام نيز همانند ديگر امامان از سر چشمه وحى بود، آنان آموزگارى نداشتند و در مكتب بشرى درس نخوانده بودند، «جابر بن عبد الله» نزد امام باقر (ع) مىآمد و از آنحضرت دانش فرا مىگرفت و به آن گرامى مكرر عرض مىكرد: اى شكافنده علوم! گواهى مىدهم تو در كودكى از دانشى خداداد برخوردارى.
در مکتب تربيتي امام باقر (ع) علم و فضيلت به مردم آموخته مي شد. ابوجعفر امام محمد باقر (ع) متولي صدقات حضرت رسول (ص) و اميرالمؤمنين (ع) و پدر و جد خود بود و اين صدقات را بر بني هاشم و مساکين و نيازمندان تقسيم مي کرد، و اداره آنها را از جهت مالي به عهده داشت. امام باقر (ع) داراي خصال ستوده و مؤدب به آداب اسلامي بود. سيرت و صورتش ستوده بود. پيوسته لباس تميز مي پوشيد. در کمال وقار و شکوه حرکت مي فرمود.
امام پنجم (ع) بسيار گشاده رو و با مؤمنان و دوستان خوش برخورد بود. با همه اصحاب مصافحه مي کرد و ديگران را نيز بدين کار تشويق مي فرمود
